Il se peut qu'elle soit l'héritière d'une déesse-mère préhistorique vénérée dans le delta du Nil où, d'après le mythe, elle éleva l'enfant Horus. On a aussi supposé sa parenté avec une démone mésopotamienne, la Lilith du mythe de Gilgamesh. À la fin de la V^e dynastie, elle est mentionnée dans les textes des pyramides, où elle protège le roi défunt de la putréfaction. Les Ramessides lui construisirent des sanctuaires à Memphis et à Abydos notamment. À l'époque gréco-romaine, elle devint la déesse universelle, invoquée tant en Égypte que dans tout le bassin méditerranéen et au-delà. On lui bâtit le temple de Philæ, sur le Nil, qu'il fallut déplacer sur l'île d'Agilkia à la construction du barrage d'Assouan.

Isis est la Grande Déesse par excellence.

Dans le mythe osirien, elle est l'épouse et sœur exemplaire qui, grâce à ses pouvoirs magiques et avec l'aide de sa sœur Nephtys, réussit à ressusciter Osiris, son frère et époux, le temps d'une union d'où naquit le dieu Horus.

Seth voulut se débarrasser de son frère Osiris dont il était jaloux. Il fit construire un coffre en bois précieux et déclara au cours d'un banquet qu'il l'offrirait à celui dont le corps s'ajusterait exactement à ses dimensions. Osiris, qui était très grand, s'y installa, et aussitôt Seth, aidé de 72 complices — les 72 génies des demi-décans du zodiaque­— referma le lourd couvercle sur lui et le scella avec du plomb fondu. Puis Seth et ses complices portèrent le coffre sur le Nil et le firent descendre jusqu'à la mer.

Le coffre d'Osiris, porté par les courants de la  mer Méditerranée, se retrouva en Phénicie, à Byblos, où il vint s'encastrer dans le tronc d'un  tamaris. Isis, partie en barque à la recherche de son époux, arriva jusqu'à Byblos. S'étant fait reconnaître auprès du roi, elle se fit donner le tronc avec le cercueil et retourna en Égypte où elle cacha le cercueil dans les marais du delta.

Mais, alors qu'il chassait au clair de Lune, Seth retrouva le corps qu'il coupa en quatorze morceaux et les dispersa de tous côtés.

Isis remonta alors sur sa barque de papyrus à la recherche des morceaux du corps de son bien-aimé, à travers le labyrinthe du marais, mais elle n'en retrouva que treize sur les quatorze. La seule partie introuvable, malgré tous ses efforts et l'aide des obligeants crocodiles, fut le membre viril car il avait été mangé par des poissons. Toutefois il avait eu le temps de donner au fleuve sa force fécondante.

Isis et Horus